یک میکروسکوپ دیجیتال غالباً منبع نور LED داخلی خود را دارد و از نظر میکروسکوپ نوری تفاوت در این است که هیچ گونه پیش بینی برای مشاهده مستقیم نمونه از طریق چشمی وجود ندارد. از آنجا که تصویر در مدار دیجیتال متمرکز شده است ، کل سیستم برای تصویر مانیتور طراحی شده است.
اپتیک برای چشم انسان حذف شده است.

منبع نوری این میکروسکوپ یک منبع LED داخلی است در مقایسه با میکروسکوپ نوری که منبع نور از خارج میکروسکوپ از طریق یک چشمی قابل دسترسی است. بنابراین ، در میکروسکوپ دیجیتال ، دسترسی اپتیک انسان از بین می رود زیرا کل دستگاه دارای یک سیستم نظارت بر تصویر است.

هنگام استفاده از میکروسکوپ های دیجیتال این قابلیت نیز وجود دارد که به صورت لحظه ای تصاویر را بر روی کامپیوتر نیز ببینیم. این میکروسکوپ ها به علت راحتی استفاده و قابلیت ذخیره کردن اطلاعات در مدارس و دانشگاه های اروپا و آمریکا محبوبیت زیادی پیدا کرده اند.

انواع میکروسکوپ الکترونی شامل میکروسکوپ‌های digitalized USB که بسیار گران‌قیمت هستند، میکروسکوپ دیجیتال صنعتی بسیار گران‌قیمت هستند، از جمله روشنایی کوهلر و تنویر فاز کنتراست، با webcams نصب‌شده و لنز ماکرو.